【2025年最新】冷凍倉庫で使える補助金｜対象者や要件も紹介

エネルギーコストの高騰や脱炭素化への要請が高まる中、冷凍倉庫業界では、省エネ性能の高い機器への転換が急務となっています。そこで注目されているのが、国の補助制度を活用した最新の設備導入支援です。

この記事では、冷凍倉庫で使える補助金について紹介します。

なお、令和7年度の情報がまだ公開されていない補助金もあります。最新情報が公開されたら、対象者や要件を確認して申請しましょう。

コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事

近年、環境問題への関心が高まる中、冷凍倉庫業界でもフロン類の使用削減やCO₂排出削減が求められています。こうした背景から注目されているのが「コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業」です。

この事業は、温室効果の高い代替フロン（HFCs）を使用しない自然冷媒機器への更新・導入を支援するもので、環境負荷の軽減と効率的な物流体制の構築を目的としています。

この補助金制度は、冷凍倉庫を運営する事業者や食品関連業者などが、省エネ性の高い脱炭素型自然冷媒機器を導入する際の費用を一部負担することで、設備投資のハードルを下げ、より持続可能な運営を後押しします。

対象となるのは、脱フロン・脱炭素化に向けた取り組みを行う事業者であり、導入される機器には高水準の省エネルギー性能が求められます。

参考：環境省「コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業」

対象者

対象者は、下記などで冷凍冷蔵機器を使用し、これを更新または新規導入する中小企業や個人事業主です。

• ・冷凍冷蔵倉庫
• ・食品製造工場
• ・食品小売店舗

特に、食品流通に関わるコールドチェーンを構成する事業者が主な対象です。フロン類の不使用やCO₂削減などの環境対応の意識を持ち、設備更新に取り組む姿勢が求められます。

なお、飲食店や農業関連事業者については、補助対象となるかどうかは設備の用途や条件により異なります。詳細は公募要領で確認してみてください。

参考：飲食店の利益率の平均とは？黒字店舗の共通点と20の利益拡大施策を紹介 | ビヨンド注文コラム

要件

補助を受けるには、下記のエネルギー消費の多い施設を運営していることが前提です。

• ・冷凍冷蔵倉庫
• ・食品製造工場
• ・食品小売店舗　など

導入する設備は、原則としてフロン類を使用しない自然冷媒機器であり、かつ高い省エネルギー性能を有する必要があります。

大企業に対しては、「自然冷媒機器への転換目標を設定した上で、外部公表していること」が必須です。

例えば、冷凍冷蔵倉庫や食品工場の場合、新たに導入する主要冷凍冷蔵機器の100％を自然冷媒機器とすることが条件です。食品小売店舗の場合は、新設店舗や改装時における自然冷媒機器の導入率が50％以上であることが求められます。

加えて、以下のいずれかの「評価項目」に1つ以上合致することが必要です。

1.再エネ発電設備の導入（自家消費用）

2.再エネ電力の購入

※上記①＋②（①、②いずれかだけでも可）で事業所の消費電力の５％以上を賄っていること。

3.その他、再エネ活用の先進的な取組の実施

• ・再エネ活用のためのデマンドレスポンスの導入
• ・再エネ活用のための蓄電池導入

4.再エネ推進の宣言

• ・「再エネ100宣言」への参加
• ・「RE100」への加盟
• ・上記いずれかに準ずる自主宣言の外部公表

引用：環境省「コールドチェーンを支える冷凍冷蔵機器の脱フロン・脱炭素化推進事業」

さらに、申請時には導入機器の性能やCO₂削減効果、投資回収見込みなどを明記した事業計画書の提出が必要です。過去の補助金受給歴や法令順守状況も審査対象となり、総合的かつ厳格な評価が行われます。

補助額・補助率

補助金の額は、導入する冷凍冷蔵機器の規模や内容によって異なります。

補助率は原則1/3です。ただし、特に先進的な取り組みを行う中小企業等については、補助率が1/2に引き上げられる場合があります。

申請は年度ごとの公募期間内に行う必要があり、補助金は原則として設備導入後に交付されます。そのため、申請前に十分な資金計画を立てておくことが重要です。

先進的省エネルギー投資促進支援事業

先進的省エネルギー投資促進支援事業は、民間企業が行う高効率な省エネ機器・設備の導入を支援する国の補助制度です。

この事業では「先進設備」や「オーダーメイド型設備」の導入に要する費用の一部を助成することにより、産業・業務部門におけるエネルギー消費の最適化と、安定的かつ適切なエネルギー需給構造の構築を目指しています​。

対象は全業種の法人・個人事業主であり、冷凍倉庫を含む多様な業種で利用可能です。補助の対象となるのは、省エネ性能が一定以上と評価された設備や、設計を伴うオーダーメイド型の設備などです。 

参考：経済産業省「令和7年度 先進的省エネルギー投資促進支援事業費にかかる補助事業者募集要項」

対象者

この補助事業は、全業種の法人および個人事業主が対象となります。特定の業種（例：冷凍倉庫）に限定されておらず、先進設備またはオーダーメイド型設備を導入する全ての事業者が対象です​。

ただし、令和4年度までに採択されており、令和7年度も継続して事業を実施する事業者が対象なことに留意してください。

要件

補助金の申請には、下記の要件を満たす必要があります。

• ・国が定めた省エネ性能基準を満たす設備（先進設備・オーダーメイド型設備）を導入すること
• ・対象となる設備費用について、設計費・設備費・工事費の区分が明確であること
• ・投資により、エネルギー使用量が合理化されることが証明できること（省エネ効果を示す書類などの提出が必要）

補助額・補助率

補助率および補助額の上限は、以下の通りです​

補助金は設備導入に要する「設備費」部分に対して支給されます。なお、補助率の詳細や適用については、経済産業省との協議により最終決定されます。

まとめ

冷凍倉庫に関する補助金制度は、コスト削減と環境対策の両立を支援する有力な手段です。補助金制度を活用することで、設備導入の初期負担を抑えながら、持続可能で競争力のある経営体制の構築が可能になります。

今後も補助金制度は変化していく可能性があるため、最新情報を常にチェックし、適切なタイミングでの申請を心がけることが重要です。補助金を活用し、より持続可能で効率的な冷凍倉庫の運営を実現しましょう。

参考：躍進的な事業推進のための設備投資支援事業とは？中小企業診断士が徹底解説 | ビジネス処方箋

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